La actual Escuela Universitaria "Begoñako Andra Mari" es heredera de la antigua Escuela de Magisterio "Nuestra Señora de Begoña" fundada en 1948.

Transformada en Escuela Universitaria en 1978 se adscribió a la Universidad de Bilbao (actualmente UPV/EHU), con facultad de conferir grados académicos, siendo ya su titular la Diócesis de Bilbao, y ha cubierto su labor docente durante el período 1973-1993 en el edificio del Seminario de Derio, lo que ha dado lugar a que sea popularmente conocida como la "Escuela de Derio".

Trasladada en el curso 1993-1994 a Bilbao, en la calle Barraincúa 2, la Escuela Universitaria "Begoñako Andra Mari" sigue manteniendo los principios en los que encuentra su propia personalidad y su propia razón de ser, que la definen por ser cristiana y por su voluntad de promocionar desde los valores culturales propios del País Vasco, la formación de profesores que potencien el pluralismo científico, social y político característica de toda sociedad verdaderamente democrática.